办法明确提出经济适用住房建设过程中一系列优惠政策措施，主要有：经济适用住房项目建设一律免收城市基础设施配套费、人防建设经费等各项行政事业性收费和政府性基金；经营服务性收费有下限标准的，一律执行下限标准，没有下限的，按不高于80％收费标准执行；垄断行业工程收费应予优惠；经济适用住房项目外的基础设施建设费用，由市、县人民政府承担。
办法规定，经济适用住房基准价格由开发建设成本、税金和利润三部分构成，并规定房地产开发企业建设的经济适用住房利润率不超过3％，市、县人民政府的住房保障实施机构直接组织建设的经济适用住房按成本价销售，不得有利润。同时还规定经济适用住房销售价格的浮动幅度按不高于基准价格的3％确定。
此外，办法还规定下列5种费用不得计入经适房成本：经济适用住房项目小区内经营性设施的建设费用；开发企业留用的办公用房、经营性用房的建筑安装费用及应分摊的各种费用；各种与住房开发经营无关的集资、赞助、捐赠和其他费用；各种赔偿金、违约金、滞纳金和罚款；按规定已经减免的和其他不应计入价格的费用。
